Οι υγρότοποι του Εθνικού Πάρκου Ανατολικής Μακεδονίας & Θράκης (ΕΠ ΑΜΑΘ), το Δέλτα Νέστου, οι λίμνες Βιστωνίδα και Ισμαρίδα καθώς και οι λιμνοθάλασσες τις ευρύτερης περιοχής φημίζονται για πλούσια βιοποικιλότητά τους: έχουν καταγραφεί 264 είδη πουλιών, από τα οποία τα 141 φωλιάζουν στην περιοχή, όπως κύκνοι, η Βαλτόπαπια, η Βαρβάρα, η Αβοκέτα, ο Καλμοκανάς, η Πετροτριλίδα, ο Μαυροκέφαλος Γλάρος και το Νεροχελίδονο.
Στο πλαίσιο της ενταγμένης στο ΕΠΠΕΡΑΑ πράξης με τίτλο «Προστασία και Διατήρηση της Βιοποικιλότητας του ΕΠΑΜΑΘ» ο Φ.Δ. υλοποιεί το «Πρόγραμμα Παρακολούθησης Ορνιθοπανίδας στο ΕΠΑΜΑΘ (2012-2015)», το οποίο περιλαμβάνει την καταγραφή και την εκτίμηση της κατάστασης διατήρησης συνολικά 217 είδη πουλιών, εκ των οποίων τα 173 είναι προστατευόμενα, ενώ έχει παρατηρηθεί να φωλιάζουν στο Εθνικό Πάρκο πολλά περισσότερα είδη υδρόβιων πουλιών σε σχέση με αυτά που ήταν γνωστά μέχρι τώρα, όπως ο Μουστακαλής, Μικροτσικνιάς, Πετροτιρλίδα κ.α..
