Είναι γνωστό ότι η λίμνη Παμβώτιδα τις τελευταίες δεκαετίες υφίσταται πολύ μεγάλες πιέσεις (καταστροφή παραλίμνιων ενδιαιτημάτων, εκτεταμένη ρύπανση, διατάραξη υδρολογικού ισοζυγίου κ.ά.)που έχουν οδηγήσει στην υποβάθμισή της.Όλα αυτά μεταξύ άλλων έχουν συμβάλλει στην αύξηση του φαινομένου του ανθρωπογενούςευτροφισμού, την ελάττωση της διαύγειας των νερών της, καθώς και στην εμφάνιση φαινομένωνόπως ο σχηματισμός αφρών στη λίμνη, όπως συνέβη το προηγούμενοδιάστημα.

Σε ότι αφορά τα πρόσφαταπεριστατικάστη λίμνη Παμβώτιδακαι σύμφωνα με τη διεθνή βιβλιογραφία, υπάρχουν αρκετές επιστημονικές μελέτες από ανάλογα περιστατικά και σε άλλες λίμνες συνδέοντας το εν λόγω φαινόμενο άμεσα με την παρουσία φυτοπλαγκτονικών οργανισμών. Η πιθανή εμφάνιση ενός πρόωρου εαρινού μέγιστου βιομάζας, (διάτομα και χλωροφύκη)καθώς οι συνθήκες φωτός και θερμοκρασίας ήταν ιδανικές και για τις δύο περιόδους που εκδηλώθηκαν τα περιστατικά,(Φεβρουαρίου και Μαρτίου) ενισχύουν τησχέση αυτή. Από άποψη υδρολογικών συνθηκών, η στάθμη της λίμνης το προηγούμενο διάστημα ήταν ιδιαίτερα χαμηλή,και κατά συνέπεια την επαναιώρησηνεκρής οργανικής ύλης. Η διαδοχή του φυτοπλαγκτού έχει συσχετισθεί με τις αλλαγές στις περιβαλλοντικές παραμέτρους και τις μικροκλιματικές συνθήκες, ιδιαιτέρως τη θερμοκρασία, το φώς, τη διαθεσιμότητα των θρεπτικών, καθώς και θνησιγόνους παράγοντες όπως η κατανάλωση από ζωοπλακτονικούςοργανισμούς. Οι χουμικές (οργανική ύλη) και μη χουμικές ουσίες, οι φυσικοί πολυσακχαρίτες, πρωτεΐνες, αμινοξέα, λίπη, ρητίνες, χρωστικές κ.λ.πείναι σχετικώς ευδιάσπαστες και αποικοδομούνται από τους μικροοργανισμούς, τα νηματοειδή και άλλαβακτήρια, επηρεάζοντας με τη σειρά τους την επιφανειακή τάση του νερού.

Η επιφανειακή τάση στο νερόπου εμφανίζεται στη διάφαση (επιφανειακή επαφή) με τον ατμοσφαιρικό αέρα, μειώνεται με την αύξηση της θερμοκρασίας και την αυξημένη παρουσία διαλυμένης οργανικής (ενώσεων) ύλης.Η δημιουργία φυσαλίδων σταθεροποιούνται από ποικίλες οργανικές ουσίες διαλυμένες στο νερό και συσσωρεύονται στην επιφάνεια υπό μορφή αφρού.Η υπόθεση ενός τέτοιου φυσικού φαινομένου ενδογενούς παραγωγής ενισχύεται καθώς σχετίζεται με τις έντονες ριπές ανέμου (>25 km/h) που έλαβαν χώρα κατά το χρονικό διάστημα εντοπισμού χωρίς να αποκλείεται η περίπτωση ρυπογόνων ουσιών .

Ο σχηματισμός αφρών από επιφανειοδραστικές ουσίες στα υδάτινα οικοσυστήματα είναι ένα σύνθετο φαινόμενο και οι λόγοι σύνθεσης και παραγωγής του είναι πολλές φορές δύσκολα αναγνωρίσιμοι. Όπως αναφέρθηκε παραπάνω, η ενδογενής παραγωγή αφρού στη λίμνη φαίνεται να έχει άμεση σχέση με την αποσύνθεση της φυτοπλαγκτονικής βιομάζας, τις υδρολογικές, τις καιρικές καθώς και τις κλιματικέςσυνθήκες που επικρατούν την περίοδο εμφάνισης τέτοιων φαινομένων. Ωστόσο κάποιοι παράγοντες ή οι συνέργιεςκαι αλληλεπίδραση αυτών, εξακολουθούν να είναι άγνωστοι.

Η λίμνη Παμβώτιδα, καθώς βρίσκεται στο χαμηλότερο τμήμα του τοπίου, αποτελεί τον αποδέκτη σημειακών αλλά και διάχυτων πηγών ρύπανσης της λεκάνης απορροής.

Μελέτες και αναλύσεις που έχουν εκπονηθεί τα τελευταία χρόνια επιβεβαιώνουν ότι η λίμνη Παμβώτιδα είναι μια ευτροφική λίμνη με έντονη ροπή προς υπερτροφικά χαρακτηριστικά, με προβλήματα ρύπανσης που προέρχονται από την πόλη, αλλά και τις δραστηριότητες στη ευρύτερη περιοχή. Η πρόσφατη μελέτη αποκατάστασης του οικοσυστήματος της λίμνης που εκπόνησε η Περιφέρεια Ηπείρου σε συνεργασία με το Φορέα Διαχείρισης Λίμνης Παμβώτιδας, υποδεικνύει σειρά μέτρων που πρέπει να ληφθούν για τη βελτίωση της κατάστασης του οικοσυστήματος (Δημιουργία Οικολογικού πάρκου,Έργα πεδινής και ορεινής υδρονομίας, διαχείριση καλαμώνα, κ.ά.).

Ο Φορέας Διαχείρισης επιδιώκειτην ένταξη για χρηματοδότηση των έργων αυτών στην τρέχουσα προγραμματική περίοδο (ΠΕΠ Ηπείρου), σε συνεργασία με τις αρμόδιες υπηρεσίες.Προτεραιότητα του Φορέα Διαχείρισης είναι η κατασκευή λιμνοδεξαμενών καθίζησης με σκοπό την ανάσχεση και περιορισμό εισαγωγής ρυπαντικού φορτίου στη λίμνη.

Στην ποιότητα των νερών της λίμνης Παμβώτιδας σημαντικό ρόλο παίζει η ορθή διαχείριση των αστικών και κτηνοτροφικών αποβλήτων καθώς η διαμόρφωσή της από υδρολογική πλευρά και η σχέση επικοινωνίας που έχει με το υπόλοιπο λεκανοπέδιο των Ιωαννίνωνκαθορίζει τελικά τις εισροές και τις εκροές από και προς τη λίμνη.

Ο Φορέας Διαχείρισης είναι όργανο γνωμοδοτικού και εποπτικού χαρακτήρα βάσει του θεσμικού πλαισίου του.Στο πλαίσιο των αρμοδιοτήτων του υλοποιεί δράσεις παρακολούθησης ειδών και τύπων οικοτόπων, δράσεις ενημέρωσης και ευαισθητοποίησης, έκδοση γνωμοδοτήσεις, καθώς και δράσεις φύλαξης και επόπτευσης της Προστατευόμενης Περιοχής.

Η πρόληψη είναι ο πλέον αποτελεσματικός τρόπος προστασίας των επιφανειακών νερών και του εδάφους. Η αποκατάσταση του υδάτινου οικοσυστήματος της λίμνης Παμβώτιδας στηρίζεται στον έλεγχο και τη διακοπή της πηγής ρύπανσης.Η εκμηδένιση των σημειακών και διάχυτων πηγών ρύπανσης, αποτελεί λύδια λίθο για το υδάτινο οικοσύστημα.

Η οποιαδήποτε αδράνεια ή ολιγωρία θέτει αρχικά σε κίνδυνο την υδάτινη επιφάνεια της λίμνης Παμβώτιδας και αφετέρου το σύνολο του οικοσυστήματος αυτής της ευαίσθητης και προστατευόμενης περιοχής.